2023年6月14日，我院冯新华、蒋超、任艾明、杨兵实验室在美国微生物协会（American Society for Microbiology）官方期刊mSystems杂志上合作发表了题为“High-sensitivity profiling of SARS-CoV-2 noncoding region–host protein interactome reveals the potential regulatory role of negative-sense viral RNA”的研究论文。该研究系统性地揭示了新冠病毒（SARS-CoV-2）RNA的非编码区域（noncoding regions of viral RNA，ncrRNA）与宿主蛋白质间的互作网络。

 图. 新冠病毒 ncrRNA-宿主蛋白互作图谱

新冠病毒与宿主蛋白间的相互作用在病毒复制与翻译等关键过程中起着至关重要的作用。然而此前未有研究系统性地探索新冠病毒ncrRNA与宿主蛋白之间的相互作用。

为探究ncrRNA在宿主中发挥的潜在作用，该研究开发了一种RNA亲和纯化联合液相-质谱（LC-MS）的方法，并在Calu-3、Huh7和HEK293T三种细胞中系统性地绘制了新冠病毒 ncrRNA-宿主蛋白互作图谱。研究结果表明，新冠病毒RNA 5'非编码区（UTR）-宿主蛋白互作组特异性地富集了snRNP家族的蛋白，而3'UTR-宿主蛋白互作组则富集了来自hnRNP家族的蛋白和与应激颗粒相关的蛋白。通过三种细胞系的比较，该研究鉴定出了一个由58个蛋白组成的核心新冠病毒 ncrRNA-宿主蛋白互作组，其中的一些蛋白已在其他研究中被证实会影响新冠病毒复制与转录等过程。此外，鉴于新冠病毒在复制转录过程中会形成负链RNA，此研究还探究了新冠病毒负链ncrRNA与宿主蛋白间的互作。结果显示，在三种细胞系中，负链ncrRNA都与大量宿主蛋白存在互作，尤其是负链3'UTR。并且这些宿主蛋白与病毒生产、宿主细胞凋亡和免疫反应相关。

综上所述，该研究为探索病毒-宿主相互作用提供了一种全新的思路和策略。此外，由于新冠病毒5' UTR和3'UTR在冠状病毒属内具有高度保守性，该研究的开展还为设计新型抗病毒疗法提供了新视角，具有重要意义。

此研究由生研院的冯新华、蒋超、任艾明和杨兵四家实验室联合完成。博士生蒋刘一琦、肖睦副教授、博士生廖青青、郑路倩博士为论文的共同第一作者，冯新华、蒋超、任艾明、杨兵、肖睦、郑路倩为共同通讯作者。

原文链接：https://journals.asm.org/doi/10.1128/msystems.00135-23